ความเป็นมาของวัดแม่พระองค์อุปถัมภ์ ห้วยปูแกง เป็นมาดังนี้ คือ ในปีช่วงปี ค.ศ. 1989 เกิดการสู้รับกันในฝั่งเมียรมาร์ ใกล้ชายแดนไทยเมียนมาร์ จึงก่อให้เกิดการอพยยพเข้ามาพักพิงตามชายแดนไทย จึงได้มีการตั้งค่ายพักพิงที่บ้านห้วยปูแกงนี้สำหรับรองรับพี่น้องที่ได้หนีการสู้รบเข้ามายังฝั่งไทย ซึ่งมีที่พักพิงที่ห้วยปูแกง กับในสอย อำเภอขุนยวม จังหวัดแม่ฮ่องสอน จึงทำให้ผู้อพยพบางท่านได้ย้ายไปมาระหว่างค่ายที่แม่สุริน กับค่ายพักพิงที่บ้านห้วยปูแกงนี้ ซึ่งในขณะนั้น ได้มีพระสงฆ์สังฆมณฑลเชียงใหม่คือ คุณพ่อสนั่น สันติมโนกุล (เส่แฮ) ได้รับแต่งตั้งให้รับผิดชอบหน่วยงานคาทอลิกเพื่อผู้อพยพย้ายถิ่นฐาน ได้ติดตามให้ความช่วยเหลือ และมีคุณพ่อมิชชันนารีอีกท่านหนึ่ง คือ คุณพ่อ John Hantom ได้เยี่ยมคริสตชนที่นี่ปีละ 1-2 ครั้ง และต่อมาปี ค.ศ. 1993 ที่ห้วยปูแกง นี้ได้รับแต่งเป็นหมู่บ้านทางการ และไม่ได้เป็นศูนย์อพยพอีกต่อไป

ปี ค.ศ. 1996 ได้มีคุณพ่อมารีอาโน จากสังฆมณฑลหล่อยก่อ ประเทศเมียนมาร์ ได้มาดูแลกลุ่มคริสตชนที่ศูนย์อพยพในเขตแม่ฮ่องสอน รวมทั้งได้มาเยี่ยมกลุ่มคริสตชนที่ห้วยปูแกงนี้ด้วย ซึ่งเวลานั้นยังไม่มีวัดสำหรับถวายมิสซาและประกอบพิธีกรรมต่างๆ จึงใช้บ้านของสัตบุรุษสำหรับรวมกลุ่มถวายมิสซาและสวดภาวนา

ต่อมา ปี ค.ศ. 1997 ได้เริ่มสร้างวัดน้อยเป็นไม้ หลังคามุงใบตองเพื่อเป็นโรงสวดภาวนาที่บนดอยเหนือขึ้นไปจากหมู่บ้าน หลังจากนั้นคุณพ่อซึ่งมีอายุมากแล้ว และมีปัญหาเรื่องสุขภาพจึงไม่สะดวกในการขึ้นลง จึงได้ย้ายลงมาสร้างวัดหลังใหม่ในหมู่บ้าน โดยชาวบ้านช่วยกันทั้งปัจจัยและวัสดุ โดยมีผู้ใหญ่ปอหลุ เบียแหระให้ความช่วยเหลือมุงหลังคาด้วยสังกะสี

จากนั้น ปี ค.ศ. 1999 ได้มีการสร้างวัดน้อยหลังใหม่มีพื้นที่ขนาด 30×40 เมตร โดยครูคำสอนได้เลือกเอาแม่พระองค์อุปถัมภ์ และเสนอให้คุณพ่อผู้ดูแลตั้งเป็นชื่อของวัด และคุณพ่อเจ้าวัดเห็นด้วย ซึ่งในเวลานั้นมีคริสตชนอยู่ 21 ครอบครัว ส่วนใหญ่เป็นชนเผ่ากะยัน กะยอ มะนอ ซึ่งมีบางท่านอพยพไปอยู่ที่ค่ายในสอย และบางส่วนได้อพยพไปอยู่ต่างประเทศ (โลกที่ 3)

ปี ค.ศ.2001 มีคุณพ่อมาร์โก แพเบีย จากสังฆมณฑลหล่อยก่อ ประเทศเมียนมาร์ (ได้มาถึงสิงหาคม 1998 มารับงานในเดือนธันวาคม 1999) มารับหน้าที่ดูแลคริสตชนต่อจากคุณพ่อมารีอาโน หลังจากนั้น ปี ค.ศ. 2011-2016 คุณพ่อดอมินิก ญาแหระ (มาถึง ปี 2008) เป็นผู้อภิบาลดูแลกลุ่มคริสตชนต่อจากคุณพ่อมาร์โก แพเบีย

จากนั้นตั้งแต่ปี ค.ศ. 2016 ได้มีคุณพ่อคณะมิชชันนารี ยารูมาล จากโคลอมเบีย คือคุณพ่อหลุยส์ อันโตนีโอ นิเอโต้ คุณพ่อฮวนเปาโล อากีลา และคุณพ่อเมารีซีโอ โปลังโก มารับหน้าที่เป็นผู้อภิบาลเขตวัดนักบุญฟรังซิสเซเวียร์ แม่ฮ่องสอน และได้รับเอาวัดแม่พระองค์อุปถัมภ์ ห้วยปูแกง เป็นวัดสาขาของวัดนักบุญฟรังซิสเซเวียร์ แม่ฮ่องสอน

สำหรับวัดหลังปัจจุบันนี้ ได้เริ่มดำเนินการโดยคริสตชนเอง เมื่อปลายปี ค.ศ. 2018 และเริ่มลงมือในเดือนมีนาคม ค.ศ. 2019 จากนั้นคุณพ่อดุรงค์ฤทธิ์ กระบวนศิริ เจ้าอาวาส ซึ่งมารับตำแหน่งเจ้าวัดวัดนักบุญฟรังซิสเซเวียร์ แม่ฮ่องสอน จึงได้ติดตามการก่อสร้างอย่างต่อเนื่อง จึงเห็นว่าจำเป็นที่จะต้องให้ความช่วยเหลือในการก่อสร้างวัดหลังใหม่นี้ จึงได้ปรึกษากับพี่น้องคริสตชนและรายงานให้พระคุณเจ้ารับทราบ พร้อมทั้งแจ้งจำนวนประชากรในหมู่บ้านห้วยปูแกง ณ ปัจจุบันว่า มีทั้งหมด 60 ครอบครัว เป็นคริสตชนคาทอลิก 18 ครอบครัว มีจำนวนสมาชิกทั้งหมด 80 คน

จากนั้น ในโอกาสฉลองวัดนักบุญฟรังซิสเซเวียร์ แม่ฮ่องสอน ประจำปีเมื่อวันที่ 1 ธันวาคม 2019 พระคุณเจ้าได้ประกาศให้ดำเนินการได้ พร้อมทั้งให้การสนับสนุนเบื้องต้น 520,000 บาท นอกจากนั้นได้รับการสนับสนุนจากบุคคลต่างๆ เช่น คุณอักแนส มาลินี กิ้งก้าน 100,000 บาท คุณกรรณิการ์ วรรณศิริ 10,000 บาท คุณจารุพรรณ รัตนภาพงศ์ 1,000 บาท คุณเสาวลักษณ์ ศรีสำราญ 500 บาท คุณพ่อลำดวน ผ่องอุดม 500 บาท คุณวันทนีย์ ธาราศีลป์ (กางเขน และรูปพระ) 32,000 บาท คุณสมบัติ คุณพิพัฒน์ 5,000 บาท Sister Daughter of Jesus 2,000 บาท คริสตชนห้วยปูแกง (406 คน 76 วัน) 151,148 บาท คุณเชียง (จากสิงคโปร์) 20,388 บาท รวมได้รับบริจาคทั้งสิ้น 842,536 บาท ค่าก่อสร้างทั้งสิ้น 834,028 บาท เหลือ 8,508 บาท (นำมาใช้สำหรับจัดงานคริสตมาสและเสกวัดใหม่ในครั้งนี้) นอกจากนั้นยังมีครอบครัวสังขรัตน์ และพี่น้องจากบ้านเปียงหลวงสนับสนุนการจัดงานครั้งนี้ด้วย